CanRisk Pedigree Data File Examples

Example without risk factors

##CanRisk 1.0 
##FamID Name Target IndivID FathID MothID Sex MZtwin Dead Age Yob BC1 BC2 OC PRO PAN Ashkn BRCA1 BRCA2 PALB2 ATM CHEK2 RAD51D RAD51C BRIP1 ER:PR:HER2:CK14:CK56
NICE 301 1 PB PF PM F 0 0 51 1967 0 0 0 0 0 0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0:0:0:0
NICE 202 0 PM MGA MGO F 0 1 61 1940 55 0 44 0 0 0 S:P 0:0 0:0 0:0 0:0 S:P 0:0 0:0 0:0:0:0:0
NICE 201 0 PF PGA PGO M 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0:0:0:0
NICE 101 0 PGA 0 0 M 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0:0:0:0
NICE 102 0 PGO 0 0 F 0 1 40 1915 40 0 0 0 0 0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0:0:0:0
NICE 103 0 MGA 0 0 M 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0:0:0:0
NICE 104 0 MGO 0 0 F 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0:0:0:0

Example with risk factors and multiple pedigrees

Below is an example with three families: XXX0, XXX1 and XXX2. For each family, the Header containing the target's risk factors precedes the Pedigree Data section. In the case of families XXX0 and XXX2, risk factors have been specified for the target. However, in the case of XXX1, no risk factors have been specified for the target, and so there is no Header for this family. 

##CanRisk 1.0
##Menarche=10
##Parity=1
##First_live_birth=24
##OC_use=N
##BMI=27.1
##height=170
##alcohol=5.1
##FamID Name Target IndivID FathID MothID Sex MZtwin Dead Age Yob BC1 BC2 OC PRO PAN Ashkn BRCA1 BRCA2 PALB2 ATM CHEK2 RAD51D RAD51C BRIP1 ER:PR:HER2:CK14:CK56
XXX0 0 0 PM 0 0 F 0 1 55 1940 55 0 0 0 0 0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0:0:0:0
XXX0 1 0 PF 0 0 M 0 0 78 1938 56 0 0 0 0 0 S:P 0:0 0:0 0:0 0:0 S:P 0:0 0:0 0:0:0:0:0
XXX0 2 1 PB PF PM F 0 0 40 1967 0 0 0 0 0 0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0:0:0:0
XXX1 F1 1 1 3 2 F 0 0 23 1993 21 0 0 0 0 0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0:0:0:0
XXX1 F2 0 2 0 0 F 0 0 55 1961 0 0 0 0 0 0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0:0:0:0
XXX1 M2 0 3 0 0 M 0 0 53 1963 0 0 0 0 0 0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0:0:0:0
##Menarche=12
##Parity=1
##BMI=23.1
##height=162
XXX2 F1 1 1 3 2 F 0 0 23 1993 21 0 0 0 0 0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0:0:0:0
XXX2 F2 0 2 0 0 F 0 0 55 1961 0 0 0 0 0 0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0:0:0:0
XXX2 M2 0 3 0 0 M 0 0 53 1963 0 0 0 0 0 0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0:0:0:0