Versions Compared

Key

  • This line was added.
  • This line was removed.
  • Formatting was changed.

Example without risk factors

##CanRisk 2.0
##FamID Name Target IndivID FathID MothID Sex MZtwin Dead Age Yob BC1 BC2 OC PRO PAN Ashkn BRCA1 BRCA2 PALB2 ATM CHEK2 BARD1 RAD51D RAD51C BRIP1 ER:PR:HER2:CK14:CK56
XX1 104 0 MGO 0 0 F 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0:0:0:0
XX1 103 0 MGA 0 0 M 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0:0:0:0
XX1 102 0 PGO 0 0 F 0 1 40 1915 40 0 0 0 0 0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0:0:0:0
XX1 101 0 PGA 0 0 M 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0:0:0:0
XX1 201 0 PF PGA PGO M 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0:0:0:0
XX1 202 0 PM MGA MGO F 0 1 61 1940 55 0 44 0 0 0 S:P 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 S:P 0:0 0:0 0:0:0:0:0
XX1 301 1 PB PF PM F 0 0 56 1967 0 0 0 0 0 0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0:0:0:0

Example with risk factors and multiple pedigrees

Below is an example with three families: XXX0, XXX1 and XXX2twofamilies: XX0 and XXX1. For each family, the Header containing the target's risk factors precedes the Pedigree Data section. In the case of families XXX0 and XXX2, risk factors have been specified for the target. However, in the case of XXX1, no XX0 and XX1, risk factors have been specified for the target, and so there is no Header for this family

##CanRisk 12.0
##Menarche##menarche=1014
##Parity##parity=1
##First##first_live_birth=24
##OC=32
##oc_use=N
##mht_use=N
##BMI=27.1
##height=170
##alcohol=5.124.28
##alcohol=15.4
##menopause=52
##height=171
##FamID Name Target IndivID FathID MothID Sex MZtwin Dead Age Yob BC1 BC2 OC PRO PAN Ashkn BRCA1 BRCA2 PALB2 ATM CHEK2 BARD1 RAD51D RAD51C BRIP1 ER:PR:HER2:CK14:CK56
XXX0XX0 104 0 MGO 0 PM 0 F 0 0 F0 0 1 550 19400 550 0 0 0 0 :0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0:0:0:0
XXX0 1 0 PF 0 0 M 0XX0 103 0 MGA 0 0 M 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0:0:0:0
XX0 102 0 PGO 0 0 F 0 781 40 19381915 40 560 0 0 0 0 0:0 S0:P 00 0:0 0:0 0:0 0:0 S0:P 00 0:0 0:0 0:0:0:0:0
XXX0XX0 101 0 2PGA 0 1 PB 0 PF PMM F0 0 0 400 1967 0 0 0 0 0 0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0:0:0:0
XXX1XX0 F1201 0 1 PF 1 PGA 3 PGO M 2 0 F0 0 0 23 19930 210 0 0 0 0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0:0:0:0
XXX1XX0 F2NA 0 KGbN 0 2 0 M 0 0 F0 0 0 550 19610 0 0 0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0:0:0:0
XX0 202 0 PM MGA MGO F 0 1 61 1940 55 0 44 0 0 0 S:P 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 S:P 0:0 0:0 0:0:0:0:0
XXX1 M2 XX0 301 1 PB PF PM F 0 0 56 1967 0 0 0 0 0 0 3 0 0 M 00:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0:0:0:0
XX0 NA 0 JksL KGbN PB F 0 530 196324 1999 0 0 0 0 0 0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0:0:0:0
##Menarche=12
##Parity=1
##BMI=23.1
##height=162
XXX2XX1 F1 104 10 1MGO 0 3 20 F 0 0 0 230 1993 210 0 0 0 0 0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0:0:0:0
XXX2 F2 0 2 XX1 103 0 MGA 0 0 M 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0:0:0:0
XX1 102 0 PGO 0 0 F 0 1 80 1919 70 0 0 0 0 0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0:0:0:0
XX1 101 0 PGA 55 19610 0 M 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0:0:0:0
XX1 201 0 PF PGA PGO M 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0:0:0:0
XXX2 M2XX1 202 0 PM MGA MGO F 0 1 68 1940 57 30 44 0 0 0 S:P S:N S:N S:N M 0S:N S:N S:N S:N S:N 0:0:0:0:0
XX1 301 1 TG PF PM F 0 530 196343 1979 0 0 0 0 0 0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0:0:0:0