Skip to end of metadata
Go to start of metadata

You are viewing an old version of this page. View the current version.

Compare with Current View Page History

Version 1 Next »

CanRisk Data File Examples
2019-01-08

  1. Example without risk factors

##CanRisk 1.0 ##FamID Name Target IndivID FathID MothID Sex MZtwin Dead Age Yob BC1 BC2 OC PRO PAN Ashkn BRCA1 BRCA2 PALB2 ATM CHEK2 RAD51D RAD51C BRIP1 ER:PR:HER2:CK14:CK56NICE 301 1 PB PF PM F 0 0 51 1967 0 0 0 0 0 0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0:0:0:0NICE 202 0 PM MGA MGO F 0 1 61 1940 55 0 44 0 0 0 S(tongue) 0:0 0:0 0:0 0:0 S(tongue) 0:0 0:0 0:0:0:0:0NICE 201 0 PF PGA PGO M 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0:0:0:0NICE 101 0 PGA 0 0 M 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0:0:0:0NICE 102 0 PGO 0 0 F 0 1 40 1915 40 0 0 0 0 0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0:0:0:0NICE 103 0 MGA 0 0 M 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0:0:0:0NICE 104 0 MGO 0 0 F 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0:0:0:0





  1. Example with risk factors and multiple pedigrees

Below is an example with three family pedigrees, XXX0, XXX1 and XXX2. The header containing the risk factors for each precedes the pedigree and is optional. XXX0 and XXX2 have risk factors associated with the target but there are no risk factors for XXX1 and so there is no header for this family.
##CanRisk 1.0##Menarche=10##Parity=1##First_live_birth=24##OC_use=N##BMI=27.1##height=170##alcohol=5.1 ##FamID Name Target IndivID FathID MothID Sex MZtwin Dead Age Yob BC1 BC2 OC PRO PAN Ashkn BRCA1 BRCA2 PALB2 ATM CHEK2 RAD51D RAD51C BRIP1 ER:PR:HER2:CK14:CK56 XXX0 0 0 PM 0 0 F 0 1 55 1940 55 0 0 0 0 0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0:0:0:0XXX0 1 0 PF 0 0 M 00 78 1938 56 0 0 0 0 0 S(tongue) 0:0 0:0 0:0 0:0 S(tongue) 0:0 0:0 P:0:0:0:0XXX0 2 1 PB PF PM F 00 40 1967 0 0 0 0 0 0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0:0:0:0XXX1 F1 1 1 3 2 F 0 0 23 1993 21 0 0 0 0 0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0:0:0:0XXX1 F2 0 2 0 0 F 0 0 55 1961 0 0 0 0 0 0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0:0:0:0XXX1 M2 0 3 0 0 M 0 0 53 1963 0 0 0 0 0 0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0:0:0:0##Menarche=12##Parity=1##BMI=23.1##height=162XXX2 F1 1 1 3 2 F 0 0 23 1993 21 0 0 0 0 0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0:0:0:0XXX2 F2 0 2 0 0 F 0 0 55 1961 0 0 0 0 0 0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0:0:0:0XXX2 M2 0 3 0 0 M 0 0 53 1963 0 0 0 0 0 0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0 0:0:0:0:0

  • No labels